Das Gaststätten- und Beherbungsgewerbe ist deshalb zu einer Stillegung der Betriebe gezwungen worden. Auch das Wilhelm-Augusta-Heim war von diesen Maßnahmen betroffen. In seinen Räumlichkeiten war 1940/41 eine Flakbefehlsstelle untergebracht. Damals wurden 15 Mannschaften im Wilhelm-August-Heim beherbergt.

Umfangreiche Inventarlisten aus dieser Zeit geben uns heute Aufschluß über die damalige Möblierung. Anhand einer solchen Liste der Möbel im Aufenthaltsraum können wir die Inneneinrichtung dieses Raumes gut rekonstruieren. Auf Photos ist das eine oder andere im Inventarverzeichnis erwähnte Möbelstück wiederzuerkennen.

In der Zeit nach dem 2. Weltkrieg war das Heim wie auch die Insel von Angehörigen der britischen Rheinarmee besetzt, die Norderney zu ihrem "Leave Centre" gemacht hatten. Ab 1952 konnte sich der Badebetrieb nach dem Abzug der Rheinarmee wieder frei entwickeln.